C'est vrai que laisser le filtre à l'arrêt, ça n'est pas bon pour la seule et bonne raison que les bactéries présentent ne peuvent plus avoir d'apport en nutriments ou en oxygène, vital pour elles. Ceci dit, 1/2h ça me paraît un peu court et je pense qu'elles sont capables de tenir bien plus longtemps que ça.
Seulement, au cas où ça arriverait et elles mourraient toutes, tu as la chance d'avoir un sol, des plantes, décors qui sont bourrés de bonnes bactéries et crois-moi, elles n'attendront pas longtemps pour recoloniser le filtre. En fait, il faut voir la filtration comme un méga ensemble et pas que limitée au filtre en lui-même : il faut tenir compte de tous ces éléments et le filtre peut alors être perçu comme un accessoire (indispensable) à la vie bactérienne de ton bac.
Perso, je n'ai pas trop de craintes concernant ton pic de nitrite, au pire des cas tu aurais une légère baisse de l'absorption des déchets microscopiques mais c'est tout. Pas quelque chose ayant un impact aussi lourd que ce que tu as pu lire ! ^^