J'ai voulu mettre des plantes flottantes dans mon bocal de 3.5l pour que mon betta puisse se cacher : pistias et des lentilles d'eau.
Seulement les n'ont pas l'air d'être en grande santé. Je retrouve plein de morceaux de plantes lors des changements d'eau. Manifestement elles pourrissent.
D'autre part, je pense que c'est à cause de leur présence que le pH baisse et que les nitrites sont à 0.3.
Dois-je complètement virer ces plantes et laver entièrement mon bocal ou petit à petit, en changeant 2l. sur les 3.5l. tous les trois jours, la qualité de l'eau va s'améliorer d'elle-même ?

Pour ce qui est des nitrites, cela est tout à fait possible.
Les végétaux en décomposition peuvent entrainer une montée de nitrites..

A mon avis, les plantes que tu utilises ont besoin de beaucup plus de lumière, donc ne poussent pas et pourrissent.
Mieux vaut pas de plantes du tout que des plantes qui pourrissent.
Comme je ne penses pas que ton Betta apprécierait une forte lampe au-dessus de son bocal de 3,5 litres, le mieux serait soit de supprimer les plantes, soit les remplacer par une espèce qui supporte bien le manque de lumière, comme la mousse de Java.