Je serais toi, j'enleverais l'épave car elle va te géner pour l entretien, de plus des saletés risquent de s'accumuler à certains endroits inaccessibles.
Des nauplies mortes, ou autre nourriture non consommée peuvent rester coincées quelque part, tout comme un cadavre d'alevins. Sa décomposition pourra passer inapercue dans le bac et entrainer les conséquences que tu connais.
A l'usage, je pense qu'un bac nu, sans substrat est l'idéal. Quelques plantes flottantes, ou plantes sur support (comme ton anubia par exemple) sont pratiques a déplacer pour l'entretien.
A mon avis , soit il vaut mieux opter pour un bac nu, avec les changements d'eau massifs que cela impose
soit un bac cyclé très planté avec des plantes a pousse rapide qui absorberont une bonne partie des substances néfastes de l'eau.